La zona de agregación del tiburón ballena más grande del mundo se encuentra en México, al noroeste de Cabo Cantoche, en el Estado de Quintana Roo. Una de las características distintivas de esta agregación es que cuenta con una gran variedad de especímenes, no como otras del mundo donde predominan por sexo o edad. Otra zona donde se reúnen estos animales en busca de alimento en territorio nacional es en el Pacífico: Bahía de los Ángeles (BC) y La Paz (BCS).

Una organización de la sociedad civil que desde hace varios años trabaja con esta especie es Ch’ooj Ajauil. Rafael De la Parra, su director, explica que durante esta temporada se busca colocar en el animal dispositivos de estimación del comportamiento alrededor de la primera aleta dorsal. Estos aparatos ayudan a registrar los movimientos y velocidad del Tiburón, así como la temperatura y presión de las aguas donde se sumerge.

Según la norma mexicana, la NOM-59, el tiburón ballena en México está catalogado como una especie amenazada. Para Carmen Adriana Valera Bermejo, especialista en especies prioritarias de CONABIO, a nivel nacional una de las amenazas potenciales es que la dinámica turística que promueve el nado con la especie, no siga la normatividad adecuada y sobrepase el número de embarcaciones permitidas en las zonas de avistamiento.