Ovidio Guzmán (28 años) es ahijado de "Mayo" Zambada. Es aficionado a los caballos y a las peleas de gallos. Es uno de los 10 hijos del legendario capo, fue aprehendido por fuerzas armadas mexicanas y rápidamente liberado, tras ataques feroces del crimen organizado en Culiacán.
Ovidio y su hermano Joaquín (34 años), ambos hijos de Griselda López, son señalados por el Departamento de Justicia de Estados Unidos de distribuir cocaína, metanfetamina y marihuana desde México y otros lugares para su importación a ese país.
Otro hermano, Édgar, fue asesinado a los 21 años cuando recibió unos 500 disparos con AK-47 de un grupo rival en el estacionamiento de un centro comercial de Sinaloa en 2008.
Del primer matrimonio de "El Chapo", nacieron César, Iván Archivaldo y Jesús Alfredo.
El más conocido de ellos es Iván Archivaldo, "Chapito". Fue detenido en un operativo en el estado de Jalisco en 2005, a la edad de 22 años. En 2008 fue liberado luego de que un juez desestimó todos los cargos en su contra.
Su hermanastra, Alejandrina, ha figurado en la esfera pública gracias a su faceta como empresaria de una extravaganete línea de ropa inspirada en su famoso padre.
Emma Coronel, la esposa actual de Guzmán es una exreina de belleza del norteño estado de Durango y sobrina de su antiguo socio Ignacio "Nacho" Coronel, fallecido en un operativo militar.
Con ella procreó a dos gemelas, María Jaoquina y Emali Guadalupe, nacidas en 2011 en la ciudad estadounidense de Los Ángeles.