En la CDMX se calcula que entre 40 y 50% de los perros son portadores del parásito de la Giardiasis. Esta enfermedad es causada por protozoarios del género Giardia que infectan el intestino delgado y su principal manifestación es la diarrea.

El llamado Dipylidium caninum se alberga en el intestino delgado y puede medir hasta 50 centímetros. Como no posee aparato digestivo, absorbe los nutrientes del organismo que parasita, causando desnutrición en quien lo hospeda.

El Toxocara canis se alberga principalmente en el intestino de los cachorros, quienes arrojan sus huevos en las heces. Al ser consumidos por los humanos, migran a diferentes órganos.

Generalmente las cepas de Escherichia coli que colonizan el intestino no causan problemas, sin embargo dentro de esta especie se encuentran bacterias patógenas causantes de una diversidad de enfermedades gastrointestinales.

Otra enfermedad producto de la contaminación fecal es la Ancilostomosis. Los seres humanos se infectan cuando las larvas penetran la piel y ocasiona daño subcutáneo.