Son enfermedades causadas por el sistema inmunitario que ataca las células del propio organismo en vez de defenderlo. Las causas son desconocidas, pero se piensa que tienen un componente genético. Las zonas del cuerpo más afectadas suelen ser: vasos sanguíneos, tejido conectivo, articulaciones, músculos, piel, glóbulos rojos y glándulas endocrinas, como tiroides y páncreas.

En los últimos tiempos, el uso de tratamientos biológicos ha revolucionado el manejo de numerosos procesos autoinmunitarios. Enfermedades como la artritis reumatoide y la psoriasis, entre otras, han visto modificado su pronóstico sustancialmente. El reto es inducir un control temprano y efectivo que minimice el daño orgánico irreversible.

El estudio del microbioma, la composición bacteriana intestinal, y su relación con el desarrollo de enfermedades del sistema inmunológico ofrecen una ventana de investigación para tratamientos que probablemente podrían llegar a curar enfermedades que hoy son consideradas crónicas.