La Colección Nacional de Aves alberga cerca de 55 especies de colibríes, como la Amazilia candida, una especie de la familia Trochilidae, que se encuentra también en otros países como Belice, Costa Rica, Guatemala, Honduras, y Nicaragua.

Los ultrarefrigeradores que conservan las muestras de tejidos de la Colección Nacional de Aves, las mantienen a una temperatura de -71 grados.

Incluso los ácaros colectados de algunas de las plumas de las especies de aves, se convierten en importante banco de información para los parasitólogos.

Las etiquetas con las que los ejemplares son clasificados, contienen información como: nombre científico, sexo, país, estado, municipio, localidad y tipo de relleno.

Cuando se empezó la Colección Nacional, se colectaba indiscriminadamente. Actualmente se trabaja con proyectos específicos y bajo permiso de la SEMARNAT para evitar daños a poblaciones en riesgo.

La Colección mantiene ejemplares de aves ya extintas en el país, como el caso del zanate de Lerma (Quiscalus mexicanus) o el carpintero imperial (Campephilus imperialis).

La colección también alberga ejemplares de otros países que han llegado principalmente mediante donaciones o decomisos.